Інкубаційний період (від моменту проникнення збудника в організм до клінічних проявів хвороби) триває від декількох годин до 2 - 5 діб. Відомо, що чим важче захворювання, тим коротший інкубаційний період. При важких формах він складає, у середньому, близько доби.

Як правило, починається хвороба із симптомів гастроінтестинального синдрому – хворого турбують нудота, блювання, характерний біль у животі, рідке випорожнення без патологічних домішок. Симптоми проявляються протягом 20-24 годин. У подальшому з'являється неврологічна симптоматика: порушення зору – одна із найперших ознак ботулізму (хворого турбує "сітка" перед очима, двоїння предметів, важкість читання, що пов'язано з паралічем очних м'язів). Одночасно виникають спрага, сухість слизових оболонок, розлад ковтання, може змінитися тембр голосу. Хворі скаржаться на відчуття "грудки" у горлі, біль під час ковтання, подразнення в горлі – ці симптоми обумовлені ураженням ковтальних м'язів. Іноді у таких хворих помилково діагностують ангіну.

Неврологічна симптоматика триває кілька днів і супроводжується загальнотоксичним синдромом – хворі скаржаться на сильний головний біль, запаморочення, безсоння, загальну слабкість, підвищення температури тіла. У важких випадках, при ураженні дихальних м'язів, пацієнтів турбує відчуття нестачі повітря, тяжкість у грудній клітці, дихання стає поверхневим. Розвивається дихальна недостатність, що є причиною смерті при ботулізмі.